Semester III Program Studi Pendidikan Dokter terdiri dari 4 modul, yaitu:

1. Modul Hati dan Saluran Empedu

2. Modul Hormon dan Metabolisme

3. Modul Darah dan Keganasan

4. Modul Penyakit Tropis dan Infeksi

Ke empat modul tersebut memiliki masing-masing beban perkuliahan sebanyak 4 sks yang dilaksanakan selama 4 minggu setiap minggunya. Semester III juga didukung dengan pembelajaran Keterampilan Klinis Semester III dan Praktikum Semester III.

Modul Penyakit Tropis dan Infeksi adalah modul yang akan memberi gambaran tentang berbagai penyakit infeksi tropis yang disebabkan oleh bakteri, virus, cacing, protozoa dan jamur. Penekanan materi pada modul ini yaitu pada etiologi, patogenesis, gejala klinis, pemeriksaan laboratorium, pengobatan serta pengendalian infeksi.

Modul Darah dan Keganasan merupakan salah satu modul klinis yang menjelaskan tentang prinsip prinsip hematopoiesis, fisiologi sel sel darah, morfologi sel darah, biosintesis hemoglobin, kelainan yang berhubungan dengan suatu penyakit yang bermanifestasi pada perobahan nilai eritrosit-lekosit-trombosit baik secara kuantitatif maupun kualitatif serta kelainan imunologik dan keganasan sel sel darah. Modul ini juga membahas sistem limfatik, baik struktur anatomi dan histologis, fungsi dan kelainan sistem limfatik.

Modul Sistem Hormon dan Metabolisme merupakan salah satu modul klinis yang menjelaskan tentang Embriologi, Anatomi-Histologi organ-organ endokrin, Fisiologi organ-organ endokrin, Gangguan organ-organ endokrin, tumor organ-organ endokrin, sindroma metabolik dan farmakologi obat yang berkaitan dengan gangguan fungsi hormon endokrin dan sindroma metabolik, serta Penatalaksanaan dalam konteks pelayanan primer.

Praktikum Semester III berisi tentang praktik-praktik laboratorium terkait topik yang diajarkan di modul-modul semester III. Adapun praktik laboratorium yang diajarkan adalah:

- Anatomi Hati dan Saluran Empedu

- Histologi Hati dan Saluran Empedu

- Histopatologi Hati dan Saluran Empedu

- Zat Warna dalam Urin

- Anatomi Sistem Endokrin

- Histologi Sistem Endokrin

- Histopatologi Sistem Endokrin

- Histopatologi Jaringan

- Enzim

- Penatalaksanaan DM Tanpa Komplikasi

- Pemeriksaan SHD dan Difftel Membuat Sediaan Hapus Darah Tepi

- Laju Endah Darah (LED)

- Penentuan Golongan Darah dan Cross Matching Test

- Bleeding Time

- Parasit pada Hati dan Saluran Empedu

- Direct Smear dan Mycology

Keterampilan Klinis Semester III berisi tentang keterampilan-keterampilan yang terkait dengan modul-modul yang terdapat pada semester III Program Studi Pendidikan Dokter FK UISU. Adapun keterampilan klinis yang tersebut adalah:
- Anamnesis penyakit Sistem Hepatobilier dan Pankreas
- Pemeriksaan Fisik Sistem Hepatobilier, Pankreas dan Limfa
- Anamnesis dan Edukasi Sistem Hormon & Metabolisme
- Pemeriksaan Fisik Kelainan Sistem Hormon & Metabolisme
- Pemeriksaan Glukosa Darah Kapiler dengan alat
- Konseling Diet Diabetes Melitus
- Anemnesis dan Konseling Anemia Defisiensi Besi, Thalasemia dan HIV
- Pemeriksaan Pembelajaran Kelenjar Getah Bening
- Prosedur Injeksi Intravena
- Prosedur Kanulasi Vena
- Prosedur Transfusi, Penentuan Indikasi dan Jenis Transfusi
- Pemeriksaan Torniquet (Rumple Leed Test)
- Roser Plasty

Modul Hati dan Saluran Empedu (Sistem Hepatobilier) merupakan salah satu modul klinis yang menjelaskan tentang Embriologi, Anatomi-Histologi, Fisiologi, pemeriksaan fisik dan pemeriksaan penunjang, inflamasi/infeksi, fibrosis, obstruksi, keganasan dan komplikasi kronis sistem hepatobilier serta gangguan intoksikasi obat yang dapat terjadi pada sistem ini.